В который раз продолбавшись с непонятным 3-way Vimdiff (когда в трех колонках разные версии), нашел таки работающее решение:
Добавить в конфиг такую настройку:
~/.hgrc file: [в случае, если у вас hg-реп для проекта - путь будет такой: project_dir/.hg/hgrc]
[ui] merge=internal:merge
После этого сделать hg resolve --all
и вручную постирать ненужный код. Муторно, зато работает.
PS: Пользуюсь git, чего и Вам советую!